Mojmír II. se od počátku své vlády potýkal s mnoha překážkami. Téměř okamžitě se začala odtrhávat jednotlivá území, sílil tlak ze strany říše a k tomu se přidala vnitřní krize a také maďarské nebezpečí. Hned po smrti svého otce podepsal Mojmír II. s východofranským králem Arnulfem mír, aby mohl nerušeně převzít moc v zemi. Netrvalo však dlouho země se mu začala rozpadat.
Konec Moravia Magna
Roku 895 se odtrhli Češi, následovali Srbové a o rok později i Potisí, které si nárokovaly maďarské kmeny. Aby toho nebylo málo, proti Mojmírovi II. se postavil jeho mladší bratr Svatopluk. O jejich sporu toho mnoho nevíme. Mojmír II. údajně obléhal svého bratra na jednom z moravských hradů někdy roku 899. Svatopluka zachránil až příjezd Arnulfova vojska. Říše se však do žádného velkého řešení bratrské krize nehnala. Arnulf se soustředil na uzavření míru s kočovnými kmeny Maďarů a využil jejich sílu v bojích v Itálii a Panonii.
Mezi tím se situace na Moravě zčásti uklidnila. Mojmír II. toho využil a žádal od papeže potvrzení arcibiskupství a jmenování arcibiskupa a biskupů. A to se mu také podařilo. Bylo potvrzeno trvání arcibiskupství i v budoucnosti, i když jak se později ukázalo, na velice krátkou dobu.
Obávaní Maďaři
Moravu i okolní území stále více ohrožovaly maďarské kmeny. Roku 900 uzavřela Morava s východofranskou říší mír na obranu proti Maďarům, ale nebylo to nic platné. Maďaři povolali posily a v letech 905 nebo 906 vtrhli na Moravu. Odehrála se snad jediná bitva, někde na Slovensku, a v ní bylo moravské vojsko zcela zničeno. Od té doby mizí veškeré zprávy o Mojmírovi II., což naznačuje, že pravděpodobně padl v boji.
Archeologické nálezy potvrzují, že maďarská porážka způsobila na Moravě katastrofu. Zmatky a povstání započaly totální rozpad říše. Svatopluk se uchýlil do Bavorska a vyčkával na uklidnění situace. Východofranská říše se snažila obnovit na východě pořádek a snad i počítala s obnovou mojmírovské dynastie na Moravě. Sebrala obrovskou armádu a roku 907 se střetla s Maďary u Bratislavy. Výsledek byl pokořující. Vojsko východofranského panovníka bylo drtivě poraženo a pád Velké Moravy tím byl zpečetěn.
