Manželství v troskách: Boj mezi Eliškou a Janem Lucemburským
Naděje vkládané Čechy do nového krále Jana rychle opadly, a stejně na tom byl i jeho vztah s Eliškou
Koncem června 1322 se Jan vrátil z Lucemburska do Prahy a čekala ho překvapivá zpráva o narození dalšího syna. Malý Jan Jindřich se narodil na mělnickém hradě a pravděpodobně byl příčinou obnovení vztahu mezi Eliškou a Janem. Bohužel ne nadlouho.
Krutý trest
Královna neodolala pokušení využít smířlivosti svého manžela, aby opakovaným pokusem na sebe strhla rozhodující moc v zemi. Jan za to královně odňal devítiletou dceru Markétu a dal ji odvézt do bavorského Landshutu, kde se měl co nejdřív uskutečnit její sňatek s dolnobavorským Jindřichem. Ve skutečnosti šlo o to zbavit Elišku vlivu na její výchovu. Na jaře téhož roku odejmul Jan Elišce dceru Jitku a dal ji na vychování na hrad Wartburg. Královně tedy zůstal jen půlroční Jan Jindřich, protože její prvorozený syn Václav zůstával trvale uzavřen na hradě Křivoklátě. Eliška se ze dne na den ocitla zcela izolovaná, opuštěná a stále víc pronásledovaná představou, že se sama stane obětí šlechtické nenávisti a úkladné vraždy.
Eliščino vyhnanství
Z domovských Čech doslova utekla. „Královna Eliška se odebrala za svou dcerou Markétou, kterou velmi něžně miluje, do Bavor a až dodnes se zdržuje se zetěm a dcerou v Landshutu,“ líčil aktuální situaci kronikář Petr Žitavský. Svým odchodem dala odpůrcům z řad šlechty nový „důkaz“ svého nepřátelství vůči Janovi a jeho šlechtickým oblíbencům. A její manžel tomu s ochotou uvěřil. Přijal všechna nepodložená tvrzení o královnině zradě a odňal jí všechny důchody z věnných měst a statků.
Eliška tak zůstala zcela bez prostředků a žila jen z milosti svých příbuzných. O velikonocích následujícího roku porodila Elišla v bavorské Koubě dvě dcery, dvojčata Annu a Elišku, které se staly posledním svědectvím přechodného sblížení jejich rodičů. Byly to poslední děti Jana a Elišky, narozené v jejich manželství. V nuceném bavorském vyhnanství zůstala Eliška další tři roky. Finanční nouze ji nakonec donutila k návratu do Čech. Po boku svého manžela Jana vystupovala jako česká královna jen sporadicky. Většinu času trávila na Mělníku a časem jí byli odebrány i ostatní děti, většinou za účelem sňatku nebo zasnoubení.