Cesta k náboženské svobodě: Souboj katolíků, luteránů a kalvinistů v zemích českých
Okolo roku 1600 tedy v Čechách a na Moravě žily vedle sebe dva různé světy, dvě odlišné kultury. Na jedné straně stála menšina radikálních katolíků, kteří měli podporu panovníka, jenž je od roku 1599 systematicky prosazoval do úřadů. Tito lidé dostali solidní vzdělání, procestovali jižní a západní Evropu, obdivovali se kultuře katolického středomořského světa a po návratu z kavalírských cest se cíleně usazovali v palácích v Praze, aby byli neustále u dvora císaře a mohli prosazovat své názory rychle do praxe. Využívali toho, že reformovaná náboženství nebyla v českých zemích oficiálně povolena a dařilo se jim tedy zejména Jednotu bratrskou a její příslušníky značně perzekuovat.
Stranu protestantskou představovali především novoutrakvisté, kteří se blížili luteránům, a Jednota bratrská, v níž sílil vliv kalvinismu. Na počátku 17. století stáli přes svou početní většinu v jasné defenzivě. Byli vychováváni v tradici tolerantního soužití s ostatními, ovšem i oni poznávali na svých cestách po západní a střední Evropě, že přichází jiná, bojovnější doba. Jejich prvořadým politickým cílem se stala legalizace české konfese, ovšem to se jim moc nedařilo, protože byli vytlačováni z nejvyšších úřadů.
Listina zaslíbená
Největší souboj katolíků a nekatolíků v českých zemích za vlády Rudolfa II. proběhl v roce 1609, kdy se nekatoličtí stavové v Čechách a ve Slezsku pokusili legalizovat českou (ve Slezsku augsburskou) konfesi. Využili sporu mezi císařem Rudolfem II. a jeho mladším bratrem arciknížetem Matyášem, jenž v roce 1608 znatelně posílil svou pozici, když jej Rudolf musel uznat jako uherského krále a vládce nad Horními a Dolními Rakousy a ještě k tomu nad Moravou. Rudolf sice snoval pomstu, ale nebyl ochoten jít přes mrtvoly a investovat vše do vojska, protože měl raději umění a tajné vědy.
Když na něj tedy nekatoličtí stavové začali v roce 1609 na sněmu tlačit, aby uznal českou konfesi, do poslední chvíle vše zdržoval a protahoval. Nakonec však tváří v tvář odhodlaným českým a slezským nekatolíkům, kteří se vzbouřili, svolali vlastní sněm, vypsali daně a postavili vojsko, ustoupil a přestal poslouchat radikální katolíky. Bál se, že by se na scéně znovu mohl objevit jeho nenáviděný bratr. Z této situace neviděl jiné východisko, než vydat Čechům i Slezanům požadované majestáty, kterými povolil v Čechách českou (9. 7.) a ve Slezsku augsburskou konfesi (20. 8.).
V Čechách to znamenalo zrovnoprávnění vyznavačů české konfese s katolíky, a tudíž vlastně legalizaci novoutrakvistů (luteránů) a Jednoty bratrské (kalvinistů). Rozhodně se tedy nejednalo o úplnou náboženskou svobodu, protože ostatní nekatolíci z různých menších sekt (zejména početní novokřtěnci) stáli nadále mimo zákon.
Majestát se vztahoval na všechny obyvatele království (tedy i na poddané), takže se ve svém důsledku jednalo o nejtolerantnější náboženskou legislativu ve střední Evropě. Třeba v sousední říši si mohli vyznání svobodně vybrat pouze vladaři jednotlivých zemí. Díky Majestátu a následujícímu dokumentu, jejž nazýváme Porovnání, začali nekatolíci kontrolovat jako svůj hlavní církevní úřad takzvanou dolní konzistoř, dále Karlovu univerzitu a vznikla ještě funkce defenzorů, kterým byl svěřen vrchní dohled nad nekatolickými institucemi. Defenzoři měli poměrně široké pravomoci a dokonce mohli v případě potřeby sami svolat sjezd nekatolických stavů i bez souhlasu panovníka.
Nedokonalé vítězství
Mohlo by se zdát, že nekatolíci si konečně mohli klidně vydechnout a že získali vše, co chtěli. Není to ale pravda, protože Majestát představoval velmi nedokonalé vítězství. Byl vynucený násilím a králem vydán v situaci, kdy s jeho jednáním katolíci zásadně nesouhlasili a dávali to od počátku jasně najevo. Nejvyšší kancléř Lobkovic i sekretář kanceláře Filip Fabricius totiž odmítli dokument podepsat, ačkoliv to měli podle zvyklostí udělat.
Další podstatnou vadou na kráse bylo, že se nekatolíkům nepodařilo prosadit změny v zemské vládě. Tam měli katolíci nadále jasnou převahu a byli to oni, kdo drželi v rukou velký díl moci. Zřízení úřadu defenzorů se zdá být jen jakýmsi nedokonalým kompromisem. A konečně císařovi příbuzní z rodu Habsburků dávali jasně vědět, že se jim toto Rudolfovo jednání moc nelíbí a že ho do budoucna nebudou tolerovat.
Ani Matyáš z něj nebyl příliš nadšený. On toho sice nekatolíkům ve svých zemích nasliboval také hodně, ale s výjimkou Uher nikde oficiální tolerance největších nekatolických náboženství uzákoněna nebyla. Moravané do konfliktu s Matyášem nakonec nešli a spokojili se s tolerancí v praxi. Podobná situace panovala v Dolních a Horních Rakousech, kde bylo v roce 1609 zastaveno pronásledování nekatolíků a přislíbena tolerance.
Víra je dar boží
Česká náboženská situace po vydání Majestátu tedy byla ve střední Evropě velmi nestandardní. Rudolf II. uzákonil zásady poměrně široké náboženské tolerance, jež tu v podstatě panovala již od konce 15. století, kdy se ukázalo, že náboženské spory mezi římskou církví a utrakvisty nikam nevedou. Byla to tolerance z nutnosti, na kterou si časem čeští stavové zvykli s tím, že víra je dar boží, takže lidé nemají nikoho nutit ke konverzi. Propagátory takové tolerance se stali i nekatoličtí stavové v době okolo roku 1600.
Petr Vok z Rožmberka například psal Vilému Slavatovi, který prováděl určité rekatolizační kroky v Jindřichově Hradci již na počátku 17. století, aby donucovacích metod zanechal, protože „...k tomu žádný smrtelný člověk, aby ... víru v srdce lidská vkládati a tak v moc boží se vtírati měl, nepřináleží...“
Tolerantní postoj se ovšem na počátku 17. století stal v Evropě do jisté míry přežitkem. Sílícímu modernímu byrokratickému státu daleko více vyhovovala zásada z augsburského míru, jež hlásala, že poddaní mají ve víře následovat svého panovníka a neprotivit se mu.