Hvězdy Marii Josefě příliš štěstí nepřály. Když se 19. března 1751 narodila, byla už dvanáctým dítětem císařského páru, navíc dcerou, která měla posloužit pouze jako nástroj sňatkové politiky. Svůj hlavní úkol ale splnit nestihla.
Jednou z mála radostí malé arcivévodkyně byly chvíle se sestrou Johannou, se kterou měla velmi blízký vztah. Ani z její společnosti se ale nemohla těšit dlouho. V 18. století opakovaně udeřily neštovice a nevyhnuly se ani císařské rodině. Podlehla jim právě Johanna stejně jako obě manželky staršího bratra Josefa. Pro nešťastnou princeznu to ale neměl být konec utrpení.
TIP: Výchova malé Marie Terezie: Katechismus, cizí jazyky a operní árie
Za manžela jí matka vybrala Ferdinanda Neapolsko-Sicilského, o němž na dvoře kolovaly nelichotivé zvěsti. Vše už bylo připraveno na svatbu, když neštovice zabíjely znovu. Tentokrát si přišly pro Josefu, kterou v šestnácti letech připravily o život.